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1955年8月20日蔣下令成立孫案調查委員會。最後的治罪理由，則為於&ldo;軍中成立小組織&rdo;。結果交國防部&ldo;管教&rdo;，實行終身軟禁。直到蔣經國死後，1988年3月20日才獲開釋。孫這時已90餘歲了。

光陰似箭，日月如梭，不覺又將進行總統換屆選擇。總統六年一選。這使蔣介石不得不考慮對策。現在蔣雖已70餘歲了，仍精力甚佳，自不幹寂寞，陳誠未死，也必得為兒子再開道掃路。

為了連選連任，必得製造憲法根據，於是蔣又策劃&ldo;國民大會&rdo;大法官對憲法進行補充，加上&ldo;非常時期，總統可以連選連任&rdo;字樣。至1960年3月，蔣又當選為總統，這是他第三次連任。

但是雷震發行的《自由中國》，卻書生氣十足，竟對蔣介石連選連任違憲一事，大加反對，並邀集學者討論和發表文章。如曹德宣寫了《擁護蔣總統繼續領導而不贊同連任》；傅正寫了《護憲乎？毀憲乎？》；楊金虎寫了《豈容御用大法官濫用解釋權》；雷震本人寫了《敬向國大代表同仁說幾句話》；左舜生寫了《我們對毀憲策動者的警告》。一時間，好像臺灣上空颳起了民主政風，可以言論自由了。其實蔣介石是看在眼中、恨在心底，豈容民主之風刺激他的獨裁之心。只是礙於政聲，一時不便發作。

1959年2月2日，臺北法院終於向雷發了傳票。要他到地方法院應訊。當然，法院不能以言論自由為理由傳訊他，就說有人（陳懷琪）指控他身犯三罪：一為&ldo;偽造文書&rdo;；一為&ldo;誹謗名譽&rdo;；一為&ldo;觸犯懲治叛亂條例第七條&rdo;。雷回來後，胡適特別在中央研究院為他舉酒壓驚。3月25日，法院又第二次傳訊雷震。

陳懷琪是一個下級軍人。住在外地，他於1959年《自由中國》第二十卷第二期發表了兩篇文章：一篇是《軍人也贊成反對黨》，一篇是《革命軍人為何要以狗自居？》。雷的編輯部不加考慮，就給發表。結果陳懷琪本人否認他寫了這樣的文章，並寫長函辯駁，要求全函照刊。《自由中國》只給予更正說明，未發全函。陳即到地方法院控告，說雷犯了以下三罪。

第二次傳訊後，臺灣開明派的成舍我、胡秋原等，均不以當局如此作法為然。胡適更撰寫《容忍與自由》一文，對蔣氏父子進行了勸說。蔣見此，暫時鳴金收兵，以為對雷的警告已起作用。但雷仍不&ldo;覺悟&rdo;，於蔣當選後，仍然發表文章責問蔣介石&ldo;如何向歷史交代？&rdo;

蔣介石終於又下了決心，於1960年9月4日上午9時，將雷震、主編傅正、會計劉子英逮捕入獄。罪狀又變了內容，先讓同獄犯洪國式誣陷雷為&ldo;匪諜&rdo;，但洪不肯幹，並同情雷，還提醒雷說話要當心。繼而威脅利誘劉子英，叫劉自認為&ldo;匪諜&rdo;。劉六易其自白書，始完成任務。當局於10月8日便以《戡亂時期檢肅匪諜條例》第九條，明知為&ldo;匪諜&rdo;而不告密檢舉&ldo;罪&rdo;和&ldo;煽動叛亂罪&rdo;判雷徒刑十年，剝奪公權七年；劉叛十二年，剝奪公權八年；傅正&ldo;以攻訐政府&rdo;教育三年。

關於&ldo;煽動叛亂罪&rdo;是在以上&ldo;包庇匪諜&rdo;基礎上，再羅列《自由中國》的有關文章構成。主要有：

（一）&ldo;馬上要反攻大陸……頗為渺茫。一個國家的一切做法都是建立在這樣一個渺茫的假想之上，這是太不穩健了。……&rdo;

（二）&ldo;假若美國今後改換一個方式，